Der Landkreis Aschaffenburg nimmt bei der Abwasserbeseitigung in Bayern (Anschlussgrad ca. 93 %) eine Spitzenstellung ein, was hauptsächlich auf die vorteilhafte ländliche Siedlungsstruktur zurückzuführen ist. Zum Ende des Jahres 2002 waren ca. 99,4 % der Landkreisbürger an eine öffentliche Abwasserkanalisation angeschlossen.

Zur Zeit werden im Landkreis Aschaffenburg 15 kommunale Kläranlagen betrieben. Die Situation ist insbesondere durch die großen Abwasserzweckverbände Untermain, Kahlgrund und Aschafftal gekennzeichnet. Die größte der Kläranlagen ist die des Untermainverbandes mit Sitz in Kleinostheim; hier können Abwässer von 48.000 Einwohnerwerten (EW) nach dem heutigen Stand der Abwassertechnik gereinigt werden. Die beiden anderen Verbandskläranlagen haben eine Ausbaugröße von je 40.000 EW. Die kleinste Kläranlage ist die des Ortsteils Rückersbach der Gemeinde Johannesberg mit nur 800 EW. Neben den kommunalen Kläranlagen besteht auch noch eine „größere“ Kläranlage für die Autobahnraststätte Spessart in Rohrbrunn mit einem privaten Betreiber und einer Ausbaugröße von 4.000 EW. So werden über diese 16 Kläranlagen im Landkreis Aschaffenburg die gesammelten Abwässer von insgesamt ca. 230.000 EW gereinigt.

Die grundlegende Sanierung, Erweiterung bzw. der Neubau von kommunalen Kläranlagen kann im Landkreis Aschaffenburg als weitgehend abgeschlossen angesehen werden. Für die Kläranlage Johannesberg-Rückersbach bestehen Planungen diese aufzugeben und einen Anschluss an eine größere Kläranlage herzustellen.

Die Hälfte der Kläranlagen (mit insgesamt 213.000 EW), insbesondere die mit einer Ausbaugröße > 10.000 EW sind zwischenzeitlich so umgebaut worden, dass sie die Nährstoffe Phosphor und Stickstoff abbauen. Die Kläranlagen im Landkreis Aschaffenburg erfüllen damit das von der Europäischen Union vorgegebene und vom Freistaat Bayern konkretisierte Ziel zur Einhaltung von Grenzwerten für Phosphor und Stickstoff. Die einzuhaltenden Phosphor- und Stickstoffgrenzwerte galten ab 1999 vorerst nur für die Kläranlagen, die zum Vorflutsystem Main-Rhein-Nordsee gehören; die Donauanrainer haben für die gleichen Maßnahmen einen längeren Zeitraum zugestanden bekommen. Grund für diese unterschiedliche Behandlung war der Umstand, dass Main, Rhein und Nordsee als das empfindlichere Ökosystem betrachtet wurden.